pydicom 2.2 : ユーザガイド : Pixel データの操作 (翻訳/解説)

翻訳 : (株)クラスキャット セールスインフォメーション
作成日時 : 09/27/2021 (v2.2.1)

* 本ページは、pydicom の以下のドキュメントを翻訳した上で適宜、補足説明したものです：

• User Guide : Working with Pixel Data

* サンプルコードの動作確認はしておりますが、必要な場合には適宜、追加改変しています。
* ご自由にリンクを張って頂いてかまいませんが、sales-info@classcat.com までご一報いただけると嬉しいです。

pydicom 2.2 : ユーザガイド : Pixel データの操作

pydicom の pixel データを操作する方法。

イントロダクション

多くの DICOM SOP クラスはバルク pixel データを含みます、これは通常は 1 つ以上の画像フレームを表わすために使用されます (但し 他のデータ型 も可能です)。これらの SOP クラスでは pixel データは (殆ど) 常に (7FE0,0010) Pixel Data 要素に含まれます。これに対する唯一の例外は Parametric Map Storage です、これは代わりに (7FE0,0008) Float Pixel Data か (7FE0,0009) Double Float Pixel Data 要素にデータを含む場合があります。

Note : In the following the term pixel data will be used to refer to the bulk data from Pixel Data, Float Pixel Data and Double Float Pixel Data elements. While the examples use PixelData, FloatPixelData or DoubleFloatPixelData could also be used interchangeably provided the dataset contains the corresponding element.

デフォルトでは pydicom は pixel データをファイル内の raw バイトとして読み込みます :

from pydicom import dcmread
from pydicom.data import get_testdata_file
filename = get_testdata_file("MR_small.dcm")
ds = dcmread(filename)
ds.PixelData 

b'\x89\x03\xfb\x03\xcb\x04\xeb\x04\xf9\x02\x94\x01\x7f\x02\x92\x038\x05a\x08g\x04%\x04=\x03\x1e\x02\x86\x01i\x01l\x01\x7f\x01\x8d\x01\x92\x01\x90\x01`\x01C\x011\x01,\x01;\x01Z\x016\x01\x8b\x01\xb7\x01\xcb\x01\xa6\x01?\x01i\x01\x83\x01\xb1\x01s\x010\x01+\x01\x10\x01\x13\x01x\x01J\x02\xfb\x02\x9f\x03\xa4\x04\xe2\x03\xc9\x02\x17\x02\x89\x01\xb5\x01\xa1\x01Q\x01\\\x01\r\x01\x17\x01!\x01)\x01\x18\x01\x11\x01\x03\x01.\x010\x01H\x01t\x02\x02\x03\x8b\x03\x8e\x04(\x04H\x02\x89\x01g\x02\x8c\x03\xff\x05\xcc\x07\xd7\x04\x81\x03}\x02\xc4\x01S\x01e\x01g\x01n\x01\x8e\x01\x88\x01s\x01C\x01+\x01=\x01D\x01e\x01L\x01@\x01[\x01x\x01\xb4\x01G\x01+\x01I\x01\x90\x01<\x01\x15\x01\x08\x01\x04\x01\x13\x01\x13\x01v\x01>\x02\xfe\x02s\x04\x80\x04\xed\x02\xfa\x01m\x01\x9f\x01\x92\x01o\x01 \x01\x08\x01\xf6\x00\xf5\x00\x03\x01\x19\x01\xfd\x00\xff\x00*\x01K\x01c\x01\xf2\x016\x02\xc2\x02S\x03~\x04%\x03\xc3\x01\xa0\x01p\x02\x94\x03\xef\x05T\x06\x15\x04\xc0\x02\x96\x02\x8d\x01K\x01O\x01b\x01z\x01\x9b\x01|\x01G\x01.\x01\x1b\x01H\x01\\\x01b\x01\\\x01I\x01R\x01X\x01\x84\x01\x1f\x01&\x01e\x01"\x01\x07\x01\n\x01\x03\x01\xfc\x00\x07\x01,\x01\x82\x01x\x02\xe4\x03\xa3\x04{\x03.\x02d\x01q\x01V\x01K\x01 \x01\xfb\x00\xff\x00\xeb\x00\xe0\x00\xfe\x00\x07\x01\xf7\x00\x18\x01\x1d\x01@\x01\xf4\x01\xd6\x01\x1a\x02\xab\x02L\x03:\x04\xc3\x02z\x01\xdb\x01\xf7\x021\x04*\x05\xe7\x03\x9a\x03\xfa\x02*\x02^\x01D\x01\x87\x01\xa3\x01\xab\x01t\x01^\x01A\x01\x1a\x01\x18\x01<\x011\x01&\x01B\x01\\\x01o\x016\x01\x1b\x01\x18\x01.\x01\x0b\x01\xf8\x00\xeb\x00\xed\x00\xef\x00\xf7\x00\x0b\x01\x08\x01\xb7\x01\xf7\x02p\x04\xb2\x03m\x02\xb3\x01\xb4\x01w\x01H\x012\x01\xf9\x00\xf6\x00\xec\x00\xef\x00\xd4\x00\xed\x00\xe4\x00\x01\x01\x0b\x01/\x01\xc0\x01\xbd\x01\xd6\x010\x02\xaf\x02^\x03\xcf\x03[\x02V\x01T\x02t\x03\x81\x03\xee\x03\x8a\x03\x0c\x03\x03\x02}\x01@\x01\x8a\x01\xbc\x01\xb4\x01\x84\x01s\x01T\x01"\x01\x10\x01\x06\x01\x12\x01(\x01K\x01X\x01U\x01\x15\x01%\x01=\x01&\x01\x19\x01\xf3\x00\xea\x00\x1b\x01\x07\x01\x08\x01<\x01\x1a\x01\x14\x01\x13\x02\xc6\x03\x98\x03\xa2\x03?\x02\xeb\x01\x8e\x01A\x01%\x01\xfc\x00\xdc\x00\xd0\x00\xce\x00\xdb\x00\xd3\x00\xda\x00\xef\x00\x0c\x01>\x01\xaa\x01\xb1\x01\xbe\x01\xf7\x01\x8a\x02\xd3\x02L\x03O\x03\xdc\x01U\x01\x88\x02\xf3\x03\xdf\x03~\x03\xbc\x02\x1a\x02\xab\x01C\x01\x83\x01\xcd\x01\xb7\x01\xa7\x01d\x01J\x01,\x01\x19\x01\r\x01\x07\x01\x1a\x015\x01$\x01-\x01C\x01B\x016\x01#\x01\x0f\x01\x0b\x01\xf7\x005\x01@\x01\x1a\x01#\x01,\x012\x01]\x01\xf2\x02\x14\x03.\x043\x03+\x02\x7f\x01N\x01#\x01\x1d\x01\x02\x01\xd0\x00\xd2\x00\xe0\x00\xd1\x00\xd6\x00\xe7\x00\x05\x01$\x01\x9d\x01\xab\x01\xbe\x014\x02N\x02e\x02\xbd\x021\x03]\x02\xb9\x01\x86\x01\xec\x02 \x04\xf9\x03\xde\x02,\x02\x9c\x01M\x01}\x01\xcb\x01\x9e\x01t\x01\x8a\x01Z\x019\x013\x01\'\x01\x1d\x01\xfb\x00\x13\x01\x03\x01\x14\x016\x01\'\x01\x18\x01\x0c\x01!\x01\x00\x01\xf2\x00\xed\x00\x03\x01\x1d\x012\x01!\x01 \x015\x01\xc2\x01\x90\x02\x82\x03\x06\x04\xc9\x02\xec\x01b\x01.\x01$\x01\x18\x01\xdf\x00\xf1\x00\xde\x00\xd9\x00\xe5\x00\xf6\x00#\x01.\x01\xae\x01\xb2\x01\xc3\x01\x0e\x02,\x02\x15\x02s\x02\xb4\x02\xa0\x02\x84\x02\xa6\x01\xd2\x01\xf6\x02\n\x04\xa2\x02\x90\x02\xca\x01|\x01t\x01\xc1\x01\x81\x01t\x01\x85\x01|\x01a\x014\x01\x19\x01&\x01\x06\x01\xef\x00\x12\x01\x1f\x01)\x01\x13\x01\x06\x01\t\x01\x14\x01\x16\x01\x13\x01\t\x01\xf3\x00\x1e\x012\x012\x01\'\x015\x01\xc1\x01\x86\x021\x03(\x04\xe5\x03\x9a\x02\xd2\x01\\\x01\x1f\x01\x00\x01\xf8\x00\x18\x01\xed\x00\xe2\x00\xf5\x00\x15\x01E\x01q\x01\x98\x01\x93\x01\xc9\x01\xf5\x01\xb6\x01\xc2\x01\xd9\x01\xf8\x01\x83\x02\x03\x03\x83\x02\xa7\x01-\x02\x83\x03y\x03\xfd\x02!\x02\x9c\x01\x9b\x01\x97\x01n\x01G\x01J\x018\x010\x01\x14\x01\x08\x01\xff\x00"\x01\x12\x01\xf0\x00\x02\x01\x1b\x01\x05\x01\x03\x01\x05\x01\xfe\x00\x07\x01\xfc\x00\n\x01\xf3\x00\xfe\x00\n\x01\x19\x010\x01[\x01\xaa\x01@\x02\xea\x02\'\x04Z\x04M\x03\x95\x02\xcc\x01m\x01V\x01X\x01]\x01U\x01#\x01t\x01\x83\x01\x91\x01}\x01\x87\x01\x83\x01\xbb\x01\xc6\x01\x92\x01\x81\x01\x90\x01\xc2\x01\x1c\x02\xe9\x02\xe2\x02\x0b\x02\xce\x01\xac\x02[\x03[\x03\xc5\x02O\x02\xad\x01\x8a\x01c\x016\x01R\x01(\x019\x01*\x01\x05\x01\xfa\x00\x1a\x01\x1f\x01\xf7\x00\xf9\x00\xff\x00\xfc\x00\xfd\x00\x14\x01\x03\x01\xfc\x00\t\x01\x04\x01\xfc\x00&\x010\x01,\x01C\x01K\x01\xa3\x01\xf5\x01\xcb\x02\xd0\x03\x8a\x04\x19\x04\x94\x03\xef\x02\xeb\x01\x07\x02\xca\x01o\x01\x85\x01l\x01K\x01+\x01\x0f\x01\x07\x01\x94\x01|\x01\xa1\x01\x88\x01s\x01k\x01r\x01\x98\x01\xdd\x01v\x02\xf8\x02\x8d\x02\xcf\x01\x13\x02\xfe\x02\xc1\x03\x8b\x02\x0f\x02\x9e\x01b\x01<\x01*\x01=\x01\n\x01\xf9\x00\xeb\x00\xf1\x00\xf8\x00\x03\x01%\x01\x02\x01\xfe\x00\x12\x01\xfe\x00\x1a\x01;\x01\xff\x00\xf1\x00\x07\x01\x08\x01\x1b\x014\x01.\x01M\x01E\x01_\x01\x87\x01\xbc\x01\xcb\x02\n\x04P\x04\x05\x04y\x03\xc3\x02\xc0\x01\x89\x01-\x01\xfc\x00\xd8\x00\xca\x00\xd3\x00\xe9\x00\x01\x01\x03\x01p\x01~\x01r\x01v\x01g\x01W\x01s\x01\xa2\x01\xb8\x019\x02\xcd\x02\xd8\x02\x10\x02\x9f\x01\xb2\x02\xe2\x03\x92\x02J\x02\xba\x01e\x014\x01(\x014\x01\x08\x01\xf3\x00\xf5\x00\xed\x00\x00\x01\xf9\x00\x1f\x01\x19\x01\x07\x01\x19\x01\x12\x01\x11\x01B\x01\x07\x01\xf6\x00\xfa\x00\xfe\x00\x10\x01;\x01>\x01l\x01\xaa\x01\xbd\x01\xdc\x01\xa1\x01\xf8\x02\xbf\x03l\x04\x1b\x04\xc2\x02\xa9\x01J\x01\xf8\x00\xd0\x00\xc1\x00\xc8\x00\xd3\x00\xe9\x00\xcf\x00\xc8\x00\xc7\x00\x84\x01\x95\x01\x9a\x01\x8c\x01p\x01U\x01Q\x01\x82\x01\x8e\x01\xfb\x01j\x02\xef\x02V\x02\x8f\x01Y\x02\xdd\x03\xe5\x02]\x02\n\x02w\x01M\x015\x01$\x01\x13\x01\xfd\x00\xea\x00\xe5\x00\xe7\x00\xf1\x00\xfc\x00\r\x01\x06\x01\x1f\x01,\x01L\x01:\x01\x1e\x01\xfb\x00\x08\x01\x11\x01-\x01;\x01Z\x01o\x01V\x01^\x01\x89\x01\xe5\x01)\x03M\x04K\x04\x05\x03\x88\x01\x1f\x01\xfc\x00\xe0\x00-\x01\'\x01\xfd\x00+\x019\x01Q\x01\x1f\x01>\x01_\x01\x93\x01\x98\x01y\x01J\x016\x01E\x01N\x01n\x01\x95\x01\x05\x02\xd4\x02\xcc\x02\xda\x01\r\x02|\x03\xb7\x02:\x02(\x02\x8a\x01Q\x01\x0b\x01\xfc\x00\xf9\x00\xeb\x00\xed\x00\xf6\x00\x12\x01\x17\x01\x17\x01\x03\x01 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\x05\x08\x05\xfa\x04\xfd\x04\xfd\x04W\x04\xc6\x02\xcb\x01\'\x02\xf7\x01\'\x02\x1a\x02\xca\x01o\x01\x16\x01\xf5\x00\x11\x01\xe8\x00\xe2\x00\xc3\x00\xb1\x00\xa0\x00\x9a\x00\x96\x00\xa0\x00\x95\x00\xa3\x00\xb9\x00\xb2\x00\xb8\x00\xc8\x00\xb3\x00\xcb\x00\xb8\x00\xc8\x00\xb5\x00\xa2\x00\x97\x00\x9c\x00\xa3\x00\xc7\x00\xbe\x00\xbf\x00\xa2\x00\x86\x00\x7f\x00\x92\x00\xcd\x00i\x01V\x02\x89\x03\r\x05\xc0\x06\x1d\x06\x06\x06\xd7\x05\xaf\x05\x96\x05\x87\x05\xb5\x05\x88\x05\x8d\x05\x9a\x05\xca\x05\xa1\x05s\x05\xac\x05\x9f\x05i\x05\xb7\x04\xf5\x03\x94\x01\xe2\x01\xb6\x01\xaa\x01\xca\x01\xa6\x016\x01-\x01\xf7\x00\xd6\x00\x0b\x01\xc8\x00\xd5\x00\xad\x00\xab\x00\xa1\x00\xa5\x00\xa9\x00\xa1\x00\xa7\x00\xbb\x00\xc3\x00\xcb\x00\xca\x00\xcc\x00\xc8\x00\xbb\x00\xb8\x00\x9d\x00\xa6\x00\xa7\x00\xa2\x00\x9a\x00\xa5\x00\x00\x01u\x01\xbb\x028\x02\x95\x02\xf8\x02\xae\x03i\x04]\x05\xb1\x06O\x07\x7f\x06:\x06\xef\x05\xb5\x05\xa5\x05\xc9\x05\xd7\x05\x93\x05\x9f\x05\x0c\x06?\x06S\x060\x06\xde\x05}\x05\xff\x04\xc7\x04m\x04\xfb\x03y\x01\x8a\x01|\x01k\x01U\x01@\x01\x1d\x01\x01\x01\xda\x00\xd4\x00\xd5\x00\xff\x00\xdd\x00\xbf\x00\x9b\x00\xc2\x00\xac\x00\xa7\x00\xb7\x00\xae\x00\x9a\x00\xcb\x00\xb6\x00\xc7\x00\xc2\x00\xb1\x00\xa2\x00\x91\x00\x8f\x00\x97\x00\xb8\x007\x01\xd0\x01\xb4\x02\xde\x03\r\x05\x1b\x06\xfe\x06\x97\x07\xde\x07\n\x082\x08\r\x08\xe1\x07\xb5\x06\x98\x06\xf8\x05\xd7\x05\xc5\x05\xce\x05\x1f\x06\'\x06\x15\x06\xb0\x05\xa4\x05\x9c\x05\xb2\x05\x97\x05;\x05\xfa\x04\xba\x04\xa0\x04\xff\x03\x7f\x03^\x01\x86\x01\xa8\x01\x95\x01b\x01A\x01\x19\x01\xfc\x00\xee\x00\xe9\x00\xef\x00\xfc\x00\xe6\x00\xb0\x00\x94\x00\xa0\x00\xd0\x00\xbb\x00\xad\x00\xba\x00\xca\x00\xa5\x00\xb0\x00\xbd\x00\xc1\x00\xbb\x00\xad\x00\xe8\x00~\x01G\x02\xa3\x03\xa6\x04\x12\x06%\x07\xdf\x07\x05\x08\xe0\x07\xe6\x06]\x074\x07\x06\x07\xd8\x06\x7f\x06?\x06\x04\x06\xfe\x05\x0c\x06*\x06\xf3\x05\xaf\x05\x8b\x05\xa5\x05\xb9\x05\xb5\x05\xa3\x05M\x05N\x05@\x05\x02\x05\xc8\x04\xa9\x04U\x04\xcb\x03\x8e\x03N\x01\x90\x01\xaf\x01\x9e\x01n\x01J\x01#\x01\x0c\x01\x01\x01\x07\x01#\x01\xfb\x00\xcf\x00\xb7\x00\x9c\x00\xc0\x00\xcd\x00\xda\x00\xbc\x00\xad\x00\xa5\x00\xa6\x00\x9e\x00\xa5\x00\xd3\x00Q\x01\x1e\x02U\x03\xf1\x044\x06-\x07\xc9\x07\xfe\x07\xf1\x07\xb2\x07W\x07\xcb\x06\xde\x06A\x07A\x07#\x07\x9a\x06a\x066\x06G\x06i\x06j\x06E\x06\xd7\x05\xbf\x05s\x05t\x05n\x05\x84\x05@\x05\x1d\x05\r\x05\xdf\x04\xbc\x04\xa0\x04a\x04F\x04,\x04;\x04S\x01y\x01\x9d\x01\x94\x01\x89\x01x\x01a\x01G\x01\x1f\x01<\x01*\x01\xf4\x00\xf8\x00\xbf\x00\xb2\x00\xc0\x00\xd4\x00\xda\x00\xdf\x00\xc7\x00\xb6\x00\xb4\x00\x0e\x01c\x016\x02\x8d\x03\xc9\x04\xd7\x05\x8e\x06\xea\x06\xff\x06\xd7\x06\xb2\x06\x90\x06\x83\x06\x93\x06\xfe\x06\x02\x07\xd2\x06\xb3\x06\x8f\x06x\x06\x10\x06h\x06l\x06m\x06*\x06\t\x06\xc5\x05s\x05O\x054\x05\x10\x05\x12\x05\xd3\x04\xbd\x04\xb4\x04\xbd\x04\xc9\x04\xea\x04\x1c\x05&\x05B\x058\x05z\x01v\x01\xa6\x01\x9d\x01q\x01X\x01`\x01M\x01R\x01?\x01&\x01\xfb\x00\xf0\x00\xeb\x00\xcd\x00\xbb\x00\xb4\x00\xb8\x00\xbf\x00\xe4\x00\xc3\x00\t\x01\xf2\x01]\x03\x9c\x04\x9e\x05I\x06\xac\x06\x87\x06\xd5\x06\xa5\x06\xc2\x06\xc1\x06\xa9\x06d\x06\xaf\x06\xc3\x06\xc9\x06\xa3\x06\xb1\x06\x94\x06S\x06\xe8\x05\xd3\x05\xc3\x05\xcc\x05\xaf\x05\x9e\x05\x88\x05r\x05\xe6\x05\xeb\x05\xbf\x05\xab\x05\xa6\x05\xba\x05\xae\x05*\x05\xbe\x05\xc7\x05\xa9\x05Y\x05i\x04^\x03'

 
PixelData はデータが様々な異なる方法でストアされる場合があるため、すぐには役立たない場合が多いです。

• pixel 値は符号付き (= signed) or 符号なし (= unsigned) 整数 or 浮動小数点である可能性があります。
  

• 複数の画像フレームがある場合があります。
  

• フレーム毎に複数のプレーン (i.e. RGB) がある場合があり ピクセルの順序 が異なる場合があります。
  

• 画像データは利用可能な圧縮標準 (1.2.840.10008.1.2.4.50 JPEG Baseline, 1.2.840.10008.1.2.5 RLE Lossless 等) の一つを使用してエンコードされているかもしれません。エンコードされた画像データはまた カプセル化 されて各カプセル化された画像フレームは1 つ以上のフラグメントに分割されている場合があります。

pixel データの解釈における複雑性ゆえに、pydicom は便利な形式でそれを取得する簡単な方法を提供しています : Dataset.pixel_array です。

Dataset.pixel_array

Warning : Dataset.pixel_array は NumPy を必要とします。

Dataset.pixel_array は pixel データを含む numpy.ndarray を返します :

ds.pixel_array 
ds.pixel_array.shape

array([[ 905, 1019, 1227, ...,  302,  304,  328],
       [ 628,  770,  907, ...,  298,  331,  355],
       [ 498,  566,  706, ...,  280,  285,  320],
       ...,
       [ 334,  400,  431, ..., 1094, 1068, 1083],
       [ 339,  377,  413, ..., 1318, 1346, 1336],
       [ 378,  374,  422, ..., 1369, 1129,  862]], dtype=int16)
(64, 64)

pixel データが圧縮されている場合、必要な pixel データハンドラ の依存性が利用可能であると仮定すれば、pixel_array は圧縮されていないデータを返します。より多くの情報については handling compressed image data を参照してください。

データを変更するために NumPy を使用できますが、変更が保存される場合は、データセットの PixelData 要素に書き戻されなければなりません。

Warning : ndarray からバイトにデータを変換し戻すことは、特に multi 平面画像や圧縮が必要な場合には以下の例でのように簡単ではない場合があります。

# example: zero anything < 300
arr = ds.pixel_array
arr[arr < 300] = 0
ds.PixelData = arr.tobytes()
ds.save_as("temp.dcm")

幾つかの変更は他の DICOM タグが変更されることを必要とする場合があります。例えば、画像サイズが縮小される場合 (e.g., 512x512 画像が 256x256 に縮小される) Rows と Columns は適切に設定される必要があります。これらを貴方自身で明示的に設定しなければなりません ; pydicom はそれを自動的には行ないません。

例として Downsize MRI image using pydicom を参照してください。

pixel_array はまた表示のためにグラフィクスライブラリに画像データを渡すために使用できます。詳細は 画像の表示 を参照してください。

カラー空間

3 の (0028,0002) Samples per Pixel 値を持つ Pixel Data で pixel_array を使用するとき、返される pixel データは (0028,0004) Photometric Interpretation (e.g. RGB, YBR_FULL, YBR_FULL_422, etc) により与えられるカラー空間になります。

pydicom は convert_color_space() 関数を通して 8-bits/チャネルの YBR と RGB カラー空間の間の変換をする限定的な機能を提供します。カラー空間を変更するときは、一致させるために Photometric Interpretation の値も変更する必要があります。

Note : カラー空間の詳細については、DICOM Standard, Part 3, Section C.7.6.3.1 を参照してください。

パレットカラー

幾つかの DICOM データセットは検索テーブル (LUT) で出力画像ピクセル値をストアします、そこではピクセルデータの値は対応する LUT エントリへのインデックスです。データセットの Photometric Interpretation 値が PALETTE COLOR であれば RGB 画像を生成するために palette color LUT をピクセルデータに適用するために apply_color_lut() 関数が使用できます。

from pydicom.pixel_data_handlers.util import apply_color_lut

fname = get_testdata_file("OBXXXX1A.dcm")
ds = dcmread(fname)
arr = ds.pixel_array
rgb = apply_color_lut(arr, ds)

ピクセルデータの bit-depth が 8 ビットであれば、DICOM の良く知られたカラーパレット の一つを適用することも可能です。

from pydicom.pixel_data_handlers.util import apply_color_lut

fname = get_testdata_file("OBXXXX1A.dcm")
ds = dcmread(fname)
arr = ds.pixel_array
# You could also use the corresponding well-known SOP Instance UID
rgb = apply_color_lut(arr, palette='PET')

Note : 詳細は DICOM Standard, Part 3, Annexes C.7.6.3 と C.7.9 参照。

Modality LUT or Rescale 操作

DICOM Modality LUT モジュールは raw ピクセルデータ値を CT のための Hounsfield ユニットのような特定の (possibly unitless) 物理量に変換します。apply_modality_lut() 関数は変換された値を返すために raw 値の入力配列と Modality LUT モジュールを含むデータセットと共に使用できます。データセットが複数の grayscale 変換を必要とするとき、Modality LUT は常に最初に適用されます。

from pydicom.pixel_data_handlers.util import apply_modality_lut

fname = get_testdata_file("CT_small.dcm")
ds = dcmread(fname)
arr = ds.pixel_array
hu = apply_modality_lut(arr, ds)

VOI LUT or Windowing 操作

DICOM VOI LUT モジュールは入力値に VOI or windowing 操作を適用します。apply_voi_lut() 関数は VOI LUT or windowing を適用した値を返すために入力配列と void LUT モジュールを含むデータセットと共に使用できます。データセットが複数の VOI や windowing ビューを含むとき、index キーワード・パラメータを使用して特定のビューを返すことができます。

データセットが複数の grayscale 変換を必要とするとき、modality LUT か rescale 操作が既に適用されたことを仮定しています。

from pydicom.pixel_data_handlers.util import apply_voi_lut

fname = get_testdata_file("MR-SIEMENS-DICOM-WithOverlays.dcm")
ds = dcmread(fname)
arr = ds.pixel_array
out = apply_voi_lut(arr, ds, index=0)

以上